A Ilha Esquecida se passa nas Filipinas na década de 90 e acompanha duas melhores amigas de infância chamadas Jo e Raissa que prometem permanecer juntas para sempre. Recém-formadas no ensino médio, as duas agora, porém, seguirão caminhos distintos, com Raissa prestes a se mudar para os Estados Unidos. Enquanto celebram sua última noite juntas, as duas acabam encontrando um portal misterioso que as transporta para a fantástica ilha de Nakali. De repente, as duas se encontram rodeadas de criaturas mágicas e mitológicas retratadas nas histórias tradicionais contadas por suas famílias filipinas. Mas o fascinante lugar esconde uma pegadinha brutal: suas memórias gradualmente desaparecem quanto mais tempo você permanece lá dentro. Logo, quando descobrem que as lembranças de toda a sua amizade são o preço a pagar para voltarem para casa, as amigas correm contra o tempo para encontrar uma forma de deixar a ilha antes de se esquecerem uma da outra para sempre.